主機銅管結垢將影響熱交換效率、降低制冷量、浪費能源，甚至會引起垢下腐蝕。

1、因為中央空調循環水系統隨著水份的蒸發和濃縮，水中溶解的鹽類（如重碳酸鹽、硫酸鹽等）的濃度增高，一些鹽類因過飽和而析出形成水垢，水垢的生成將大大影響換熱器的傳熱效率，碳酸鹽垢的導熱系數僅為紫銅導熱系數的0.15%，兩者相差懸殊，每增加1mm的水垢將使制冷量降低20～40%，能耗增加20～30%。

2、垢下腐蝕是由于主機銅管結垢后未及時清洗，造成垢污層與銅管之間的微生物轉化為酸性物質，逐步腐蝕銅管，造成局部點蝕穿孔，溶液泄漏變質，維修成本巨大。